В зависимости от характера взаимо­действия с клеткой бактериофагов делят на три группы. Заражение клетки вирулент­ными бактериофагами (например, Т-чётными фагами кишечной палочки) приводит к разру­шению (лизису) бактерии и высвобож­дению фагового потомства. Для уме­ренных бактериофагов (в т.ч. фаги лямбда, Mu1, Р1 и Р2 энтеробактерий) возможны два пути развития - литический (сходный с развитием вирулентных фагов) и лизогенный, завершаю­щийся установлением в клетке профага - скрытой неинфекционной формы вируса. При этом геном бактериофагов встраивается в бактериальную хромосому или нахо­дится в свободном состоянии, так же как плазмида.

Бактерия, несущая профаг, называется лизогентюй. Она устой­чива к повторному заражению этим бактериофагом. При определённых условиях (облуче­ние, действие химических реагентов) может произойти активация профага и разви­тие бактериофага продолжится по литическому пути.

Бактериофаги третьей группы (в т.ч. fd и М13) име­ют непрерывный цикл развития. Они постоянно размножаются в клет­ке, а жизнеспособное фаговое потомст­во удаляется из неё через особые поры в клеточной оболочке. Однако не всегда удаётся однозначно отнести природные бактериофаги к той или иной группе: умеренные фаги могут образовывать вирулентные мутанты, а геномы истинно вирулент­ных фагов (или их фрагменты) могут встраиваться в хромосомы бактерий.